Meskipun banyak anime bertema fantasi atau fiksi ilmiah, beberapa di antaranya terinspirasi dari kisah nyata yang menyimpan unsur konspirasi menarik. Anime semacam ini biasanya menggabungkan elemen sejarah, politik, atau kejadian dunia nyata, lalu dikemas dalam cerita dramatis yang memancing rasa penasaran penonton.
Salah satu contoh adalah anime Monster karya Naoki Urasawa. Meskipun tidak secara langsung mengangkat kisah nyata, latar belakangnya berkaitan erat dengan isu konspirasi dunia pasca-Perang Dingin, eksperimen psikologis anak-anak, dan jaringan rahasia di Eropa Timur. Ceritanya memperlihatkan bagaimana kekuasaan dan manipulasi bisa membentuk seorang psikopat dari masa kecilnya.
Contoh lain adalah Grave of the Fireflies, yang meski tidak mengangkat konspirasi secara terang-terangan, menggambarkan sisi gelap Perang Dunia II dan dampaknya terhadap warga sipil Jepang. Film ini mengisyaratkan kelalaian pemerintah dan kepedihan akibat kebijakan militer yang tak manusiawi.
Beberapa penggemar anime juga menciptakan teori konspirasi seputar cerita, seperti anggapan bahwa Neon Genesis Evangelion menyimpan simbolisme tersembunyi tentang organisasi rahasia dan teori eksistensi manusia, meski belum ada bukti konkret dari kreatornya.
Anime yang terinspirasi dari kenyataan dan menyisipkan unsur konspirasi mampu membangun narasi yang dalam, memancing diskusi, dan sering kali mengajak penonton berpikir lebih kritis terhadap sejarah dan kenyataan di balik layar.